RF 온라인 넥스트의 던전 콘텐츠는 사이언 훈련소, 월드 보스, 지역 던전으로 구성된다. 사이언 훈련소는 매일 2개씩 충전되는 입장권으로 입장하며, 공용 기술 데이터, 홀리가스, 메모리칩 등을 얻을 수 있다. 월드 보스는 제한된 시간 동안 다른 유저와 함께 강력한 보스를 사냥하여 기여도에 따라 장비 및 메모리칩을 획득한다. 지역 던전은 일간/주간 던전과 광산 전쟁 후 입장 가능한 던전으로 나뉜다. 안드로이드 폐기장과 네메시스 비밀기지에서는 장비 업그레이드 키트 및 장비를 얻을 수 있다. 광산 전쟁 후 열리는 공용/전용 채굴장에서는 크레딧, 경험치, 장비, MAU 설계도 등을 획득할 수 있다.