보증금 1000만원짜리 상가 계약 하려고 합니다

근데 주인분이 부동산 안끼고 계약을 하자고 하는데요,

상가는 계약 후 사업자 내고 임대차계약서에 확정일자 받는것으로 

알고 있는데, 확정일자 받으면 상관없는건가요?

부동산 수수료 아깝다고 부동산 없이 직접 계약 한다고 하시는데 

보증금 보호 받을수 있을까요?